Các phương pháp hình thức có thể được áp dụng tại nhiều điểm khác nhau trong cả quá trình phát triển phần mềm. (Tuy có thể nói đến một quá trình phát triển bất kỳ, để thuận tiện, ta sẽ dùng các thuật ngữ của mô hình thác nước).

Đặc tả

Các phương pháp hình thức có thể được sử dụng để mô tả về hệ thống cần phát triển, tại bất kỳ mức độ chi tiết nào mà ta muốn. Mô tả hình thức này có thể được sử dụng để hướng dẫn các hoạt động phát triển tiếp theo (xem các mục dưới); ngoài ra, nó có thể được sử dụng để kiểm định xem các yêu cầu cho hệ thống đang được phát triển đã được đặc tả một cách đầy đủ và chính xác hay chưa.

Nhu cầu về các hệ thống đặc tả hình thức đã được nói đến từ nhiều năm. Trong Báo cáo ALGOL 60, John Backus đã trình bày một hệ thống ký hiệu hình thức để mô tả cú pháp ngôn ngữ lập trình (sau này được đặc tên là Backus normal form hay Backus-Naur form (BNF) (Dạng chuẩn tắc Backus));

Phát triển

Khi một đặc tả hình thức đã được phát triển xong, đặc tả đó có thể được sử dụng làm một hướng dẫn trong quá trình hệ thống thực được phát triển (nghĩa là được hiện thực hóa trong phần mềm và/hoặc phần cứng). Ví dụ:

• Nếu đặc tả hình thức là một ngữ nghĩa hoạt động, hành vi được quan sát của hệ thống thực sẽ có thể được so sánh với hành vi trong đặc tả (chính đặc tả cũng nên chạy được hoặc giả lập được). Thêm vào đó, các lệnh hoạt động của đặc tả có thể thích hợp cho việc dịch thẳng mã chạy được.
• Nếu đặc tả hình thức là một ngữ nghĩa tiên đề, các tiền điều kiện và hậu điều kiện của đặc tả có thể trở thành các assertion
• If the formal specification is in an axiomatic semantics, the preconditions and postconditions of the specification may become khẳng định (assertion') trong mã chạy được.

Kiểm định

Khi một đặc tả hình thức đã được phát triển, đặc tả này có thể được dùng làm cơ sở cho việc chứng minh các tính chất của đặc tả.

Chứng minh của con người

Đôi khi, động cơ cho việc chứng minh tính đúng đắn của một hệ thống không phải là nhu cầu đảm bảo tính đúng đắn của hệ thống mà là mong muốn hiểu rõ hơn về hệ thống. Do đó, một số chứng minh được thực hiện dưới hình thức chứng minh toán học: viết tay hoặc đánh máy nội dung bằng ngôn ngữ tự nhiên, với mức độ phi hình thức như các chứng minh toán học thông thường mà con người vẫn thực hiện. Một chứng minh "tốt" là một chứng minh mà những người khác có thể đọc được và hiểu được.

Các phê phán đối với cách tiếp cận này nói rằng tính đa nghĩa cố hữu trong ngôn ngữ tự nhiên cho phép các lỗi sai trong các chứng minh đó có thể không bị phát hiện; nhiều khi, những lỗi tinh vi có thể xuất hiện trong các chi tiết mức thấp mà thường không được để ý đến bởi những chứng minh thuộc kiểu này. Ngoài ra, việc tạo ra các chứng minh tốt đòi hỏi trình độ toán học cao.

Chứng minh tự động

Ngược lại, ngày càng có nhiều quan tâm đến các chứng minh về tính đúng đắn của hệ thống bằng các phương tiện tự động. Các kỹ thuật tự động được phân thành hai loại chính:

• Chứng minh định lý tự động, trong đó, khi cho trước một mô tả về hệ thống, một tập các tiên đề lôgic và một tập các quy tắc suy luận, một hệ thống sẽ cố gắng tự xây dựng một chứng minh hình thức từ đầu.
• Kiểm tra mô hình, trong đó, một hệ thống kiểm định các tính chất nhất định bằng cách duyệt trong toàn bộ tất cả các trạng thái mà trong thời gian chạy, hệ thống có thể vào trạng thái đó.

Cả hai kỹ thuật trên đều hoạt động mà không cần đến sự hỗ trợ của con người. Các bộ chứng minh định lý tự động thường yêu cầu định hướng xem các tính chất nào là đáng quan tâm; các bộ kiểm tra mô hình có thể nhanh chóng sa lầy vào việc kiểm tra hàng triệu trạng thái không đáng quan tâm nếu không được cho trước một mô hình đủ trừu tượng.

Những người ủng hộ các hệ thống này cho rằng các kết quả của chúng có độ xác tính toán học cao hơn các chứng minh của con người, do tất cả các chi tiết buồn tẻ đã được kiểm định một cách có thuật toán. Việc huấn luyện cần thiết để có thể sử dụng được các hệ thống này cũng ít hơn đòi hỏi cần thiết cho việc tạo ra các chứng minh toán học tốt bằng tay. Nhờ đó, các kỹ thuật này có thể dùng được cho nhiều người hơn.

Những người phê phán cho rằng các hệ thống kiểu này giống như máy sấm truyền: chúng đưa ra các tuyên bố về sự thật nhưng lại không đưa ra giải thích nào về sự thực đó. Còn có cả vấn đề "kiểm định hệ kiểm định"; nếu chính chương trình tham gia công tác kiểm định không được chứng minh là đúng, thì có thể có lý do để nghi ngờ tính đúng đắn của các kết quả được tạo ra.